暗熵海洋在巨眼睁开的刹那沸腾翻涌，当归舰如同狂风中的落叶般剧烈摇晃。星孩的全息键盘迸发出刺目的红光，监测系统疯狂闪烁：“检测到超维能量波动！目标能级是暗熵漩涡的数万倍，我们的护盾最多坚持三分钟！”秦青鸾死死握住操纵杆，针灸舟在暗熵孢子的狂潮中艰难穿行，舰体表面的针灸铜人图腾纷纷崩解，化作腐蚀装甲的暗紫色尘埃。
黑袍人仰天长笑，手中的暗熵长弓吸收着巨眼散发的能量，弓身逐渐膨胀成巨大的漩涡：“这就是暗熵之主，宇宙诞生时的混沌残渣所化！在它面前，你们的医道不过是孩童的玩具！”长弓射出的箭矢撕裂空间，当归舰的补血光网在接触的瞬间扭曲成黑色荆棘，反向缠绕住舰体经络核心。林婉的残魂拼尽全力，将最后的共情之力注入护盾，她透明的身影愈发虚幻：“小逸，别管我们！祭坛里的记忆...还有后半段！”
秦逸的医道圣印在巨眼威压下剧烈震颤，金色纹路几近崩解。他强撑着将混沌针插入祭坛中央，试图读取剩余记忆。光芒中浮现出初代医仙与熵医最后的对话：“唯有以混沌针为引，用明心玉简唤醒宇宙的‘自愈本能’，才能...”画面突然破碎，暗熵之主的意志如潮水般涌入秦逸的意识，无数星球在黑暗中湮灭的景象在他脑海中循环播放。
“小逸！快用七块玉简启动‘乾坤回春阵’！”星孩的嘶吼穿透意识风暴。秦逸猛然惊醒，将七块玉简按入祭坛凹槽。玉简迸发的银蓝色光芒与混沌针的黑白光芒交织，在空中勾勒出巨大的经络图。但阵法尚未完成，暗熵之主的巨眼便射出毁灭光束，秦青鸾驾驶针灸舟舍身阻挡，飞船在强光中化作璀璨的烟火。
“不！”秦逸的怒吼震碎祭坛周围的时空。他的基因共鸣与医道圣印彻底融合，混沌针吸收着阵法能量，化作贯穿天地的金色医针。当医针刺向暗熵之主的瞬间，黑袍人突然挡在光束前，他的身体在能量冲击下逐渐透明，露出与秦逸极为相似的面容：“你以为我是敌人？我不过是被暗熵操控的傀儡...”黑袍人消散前，将半块刻有《黄帝外经》真解的残片塞入秦逸手中。
暗熵之主的攻击暂缓，当归舰趁机发动针灸跃迁，勉强脱离战场。星舰内，众人伤痕累累，秦青鸾的残影在能量乱流中若隐若现：“我将意识上传至飞船核心，还能再战。”她的声音带着电子音的颤抖。秦逸握紧残片，发现其上记载着逆转暗熵的关键——需在宇宙的“十二重生死穴”同时施针，才能唤醒宇宙自愈之力。
“但十二重生死穴...分别位于十二个平行宇宙。”星孩调出星图，每个坐标都被暗熵云雾笼罩。林婉的残魂凝聚最后的力量，在虚空中画出青鸾星的传送阵：“我为你们打开通道，但每穿越一次，我的存在就会削弱一分。”秦逸将混沌针插入传送阵中心，带领众人踏入未知的维度。而在他们身后，暗熵之主的巨眼再次亮起，无数暗熵生物从海洋中涌出，开始追击各个平行宇宙的生命源头。
在第一个平行宇宙——一个由机械文明主导的冰冷星系，秦逸等人刚一现身，便遭到由暗熵感染的机械巨像攻击。这些巨像的关节处缠绕着《瘟疫论》记载的变异病毒，每一次攻击都能将物质分解成暗熵粒子。“它们的弱点在能量核心！”秦逸挥动混沌针，引导众人攻击巨像胸口的紫色晶体。但随着战斗的深入，他们发现这个宇宙的生命之树已被暗熵彻底侵蚀，想要找到生死穴，必须先净化整棵树的根系。