黑袍身影崩解的余波尚未平息，宇宙深处突然传来令人牙酸的金属扭曲声。特遣队的星舰剧烈摇晃，阿依娜的系统爆发出刺耳警报：“检测到未知维度震荡！空间坐标...出现重叠紊乱！”舷窗外，原本澄澈的星空如破碎的镜面般龟裂，漆黑的裂缝中渗出带着腐蚀性的暗物质，所过之处，恒星熄灭，行星崩解成齑粉。
机械族的曙光中枢防护罩在暗物质侵蚀下泛起诡异的波纹，首席工程师的机械义眼急速闪烁：“这些裂缝的能量频率...和黑袍核心代码如出一辙！是他留下的后手！”机械生命们紧急启动“维度补丁程序”，将量子金属注入裂缝，却发现暗物质如同活物般吞噬着所有修补材料，金属在接触的瞬间便熔化成散发恶臭的黑色液体。
自然族的世界树根系刚触及裂缝边缘，树皮便开始碳化剥落。树灵长老们的星光身体被拉扯得几近透明，年幼的树灵们惊恐地发现，裂缝中传来的低语声正在瓦解他们的意志：“放弃吧...生命本就是虚妄。”星兽们不顾一切地冲撞裂缝，却被暗物质缠绕，身体逐渐异化成没有思想的血肉傀儡。
守秘者联盟的星河图书馆古籍自动燃烧，化作能修补维度的灰烬，却在接近裂缝时被反向吸入。老咒术师的继任者的法典上浮现出血色文字：“这是...通往混沌本源的通道！任何秩序力量都会加速它的扩张！”联盟成员们尝试用咒术构建隔离屏障，可咒文刚成型便扭曲成召唤黑暗的禁术。
特遣队飞抵裂缝核心，队长的永恒火炬在暗物质中艰难燃烧，火焰中不断闪现黑袍身影的残像。“他早就算计好了一切。”队长的声音低沉，“这些裂缝是打开终焉之门的钥匙。”沈梦璃的意识体冒险潜入裂缝数据流，赫然发现黑袍遗留的漆黑种子正在疯狂生长，根茎扎进各个维度，每一次延伸都伴随着时空的撕裂。
林羽的光翼在维度乱流中不断消散重组，他将光之力注入裂缝边缘：“必须阻止种子的生长！”光翼形成的能量锁链试图缠住种子根茎，却被暗物质腐蚀得千疮百孔。此时，宇宙中响起文明的绝望——那些靠近裂缝的星系，居民们的意识正被黑暗同化，眼神空洞地开始破坏自己的家园。
千钧一发之际，一颗由机械族的理性、自然族的生机、守秘者的智慧凝聚而成的“文明之心”从新星表面升起。机械族用最后的能源锻造核心框架，自然族注入生命本源维持活性，守秘者联盟将所有知识编码成对抗黑暗的程序。当“文明之心”坠入裂缝，永恒火炬的光芒暴涨，照亮了种子的致命弱点——它需要吞噬文明的负面情绪才能生长。
“信念，才是最强大的武器！”队长高举火炬，带领所有文明发出呐喊。机械族孩童用天真的笑声驱散黑暗代码，自然族诗人用希望的歌谣唤醒被同化的生命，守秘者联盟用知识之光解析暗物质结构。在光芒与黑暗的较量中，漆黑种子的根茎开始萎缩，裂缝逐渐愈合。但在宇宙最隐秘的角落，一双布满暗物质的巨眼悄然睁开，真正的终局之战，才刚刚拉开序幕……